صاحب الجلالة محمد الخامس أثناء زيارته للخزانة العامة في 15 ديسمبر 1941
على الرغم من أن فكرة إنشاء خزانة عامة عصرية للكتب بالمغرب، تعود إلى سنة 1912. إلى أن تحقيقها فعليا، لم يتم إلا في سنة 1920.حيث عين الأستاذ دوسينفال محافظا للخزانة العامة، وهو الذي يعود له الفضل في وضع نظامها الأساسي وفهرسة رصيدها الوثائقي، والمتكون أساسا من مخطوطات ومطبوعات، إلى جانب كتب معهد الدراسات المغربية العليا، وكان مقرها وقتئذ بجوار المعهد المذكور.
في سنة 1924، ستنتقل الخزانة العامة إلى مقرها الجديد، وهو المقر نفسه الذي تحتله المكتبة الوطنية اليوم بشارع ابن بطوطة بالرباط.
وفي سنة 1926، وبمقتضى ظهير فاتح نونبر،ارتقت الخزانة العامة إلى وضعية مؤسسة عمومية ، حيث عهد إليها بجمع الوثائق المتعلقة بالمغرب وإتاحة الاطلاع عليها لعموم المهتمين، كما عهد إليها بمهمة جسيمة أخرى وهي تلقي وثائق الإدارات وحفظها، وذلك بمقتضى البند التاسع من الظهير المذكور. وهكذا أصبحت بحق الخزانة العامة للكتب والوثائق.
أودع في الخزانة العامة رصيد ثان من الكتب، عبارة عن محتويات مكتبة المؤسسة التي عرفت بالمعلمة العلمية بالمغرب، بعد أن وقع حلها عام 1920. وبعد ذلك اغتنى رصيد الخزانة العامة بمجموعات وثائق الخواص، من أمثال الهبة ماء العينين والفقيه الحاج المختار بن عبد الله ووثائق النادي الألماني بطنجة ووثائق الحاكم العام ج. كلوزيل والموظف الفرنسي بالجزائر أوكوستان بيرنار وقنصل فرنسا ليريش والمراقب المدني السابق لوكَلي وميشو بيلير رئيس البعثة العلمية بالمغرب الذي عين فيما بعد رئيسا لقسم السوسيولوجيا.
استمر تزويد رصيد الخزانة العامة بفضل الإيداع القانوني الذي أحدثه القانون الصادر عام 1932، وأيضا بفضل الشراء والهبات والتبادل. وخلال خمسة وثلاثين عاما من عمر الخزانة العامة في عهد الحماية الفرنسية تجمع رصيد يمثل ذاكرة ذلك العهد، كما يتجلى ذلك من نصوص تشريعية وتقنيات وتحريات وإحصائيات ودراسات ومقاربات مختلفة همت بلاد المغرب عامة من حيث جغرافيته وسكانه وثرواته وثقافته وتاريخه
في بداية الاستقلال دخلت إلى الخزانة العامة مجموعات مهمة كمّا وكيفا من المخطوطات كان مصدرها خزانات بعض الزوايا والمساجد وخزانات خاصة، مثل مجموعة عبد الحي الكتاني ومجموعة باشا مراكش السابق التهامي الكَلاوي.
عين بيير دو سينيفال (1888 – 1937) أول محافظ للخزانة العامة، وذلك عام 1920. وهو الذي وضع التصميم الداخلي للبناية التي حلت فيها الخزانة، وهو أيضا من حدد قواعد الفهرسة والتصنيف للخزانة، كما أصدر الببليوغرافيا الوطنية لأول مرة.
وفي سنة 1927 عين فونك برنيطانو مكان دو سينيفال الذي تولى إدارة القسم التاريخي للمغرب بباريس.
بعد الاستقلال توالى في مهمة محافظ الخزانة العامة السادة، عبد الله الركَراكَي ثم محمد بلعباس القباج ثم محي الدين المشرفي ثم عبد الرحمان الفاسي ثم محمد بنشريفة ثم أحمد التوفيق ابتداء من 29 يونيو 1995، ثم الأستاذ إدريس خروز ابتداء من دجنبر2003 . وحاليا يترأس إدارة المؤسسة الأستاذ محمد الفران الذي تم تعيينه لهذا المنصب يوم الخميس 20 دجنبر 2018.